当然，这些道咸之交的内外要事，阮元已然无从知晓。
直到阮元人生的最后时刻，扬州内外，尚是一片太平景象。
道光二十九年之秋，阮元便即自觉身体衰迈，更甚往日，时常精神疲乏，不愿行动。眼看秋尽冬来，阮元的身体也并无好转之象，每日看着院中凋零的落叶，阮元自然清楚，自己的人生，已然步入尾声。
“一生如此，夫复何求呢？”眼看人生终点将至，阮元心中却比身旁任何亲人都要更加平和。
十月初六这一日，因家庙主祭之故，阮元提前一日来到家庙准备祭典之事。正好这一日陈澧因游学中原之故，又一次来到了阮元家中，阮元便也请陈澧来到文选楼，一观家中藏书之景。陈澧见了阮元藏书丰富，自是赞叹不已，言语之间，二人却也说起了许多广州故事：
“老师，玉生他如今正在编辑《粤雅堂丛书》，将粤东自古以来前贤文作，一一重新结集刊刻，如此说来，玉生也算是继承了老师的心愿了。”陈澧也向阮元说起谭莹之事，道：“其实不瞒老师，玉生兄一直告诉我，希望我能够跟老师说一声，他昔年以为老师对于英吉利之事唯求羁縻，如今看来是他错了。他说，老师才是真正的经国远谋之人，对待洋人从来恩威并济，是以老师督粤九年，海疆无事，他那时年轻，尚看不到这一点。”
“兰甫，玉生这样想又是何苦呢？”阮元也不觉叹道：“英吉利之事，鸦片之患，如今想想，即便是我再做十年两广总督，又能比今日好多少呢？或许也是殊途同归吧。听说这两年广东那边，也有些不太平的事，你们在学海堂教学，没受影响吗？”
“老师，如今不过是湘桂边境出了些问题，广州省城自从战争之后，就重新恢复太平了。只是……”陈澧看着阮元样貌，显然已经比五年之前憔悴了许多，也向阮元安慰道：“老师的气色，学生看着却是不好，老师可要安心调养，切莫因为外事劳心伤神啊？”
“兰甫啊，我的身体我自己清楚，你就不必多言了。我知道，我的日子，不多了。”阮元此言一出，却也让陈澧吃了一惊。
“老师，您……您怎么会呢？只要悉心安养，老师自然可以恢复的啊？”陈澧当即劝道。
“兰甫，我今年都八十六了，人生一世，八十六载，生于太平，终于太平。如此一生，我是知足了，你还有什么可担心的呢？”阮元却依然平静自若，向陈澧笑道：“我上个月便已经将遗嘱定下，家中田产，常生的孩子早就分了一份，三个儿子每人留了一百亩，剩下的都给宗族充作族产了。他们本也是为官之人，自给自足，应该不难。只是孙辈、曾孙辈也越来越多了，生齿日繁，总是个难题……罢了，以后让他们自食其力吧。后面的日子无论我在或不在，其实都不重要了，你们的路，应该你们自己去走才是。”
“只是……有一件事却也可惜，我少年时亲见和珅乱政，是以那时便许下誓愿，定要重振国朝，再兴盛世，不想如今，距离盛世越来越远了，而且，就连这天下太平，怎么也越来越难了呢？兰甫，我尚可一生得享太平，你们……我就不清楚了，或许你们以后的路，要更难走了，这也是我的错，若是我还能再做一次九省督抚，把没做好的事重新做一遍，或许……”
“老师，学生看来，其实不是这样的，老师已经为后学之人换来了整整二十年的太平啊？”陈澧听着阮元已然看淡了生死之事，便也不再强求，反而安慰阮元道：“老师方才说起，您如今已经八十六岁了，学生先前有一件不解之事，方才明白。老师，自古圣贤，名臣良相，依学生所见，即便是高寿之人，大多不过六十余载春秋，未及耳顺便即身殁者，同样不少。可老师已经八十六了，也就是说，老师其实……已经活到了一个本不属于老师的时代啊？老师昔年施政治民，让粤东士民受惠其间二十余年，这还仅仅是粤东一省，还有浙江、江西、湖北、云南……老师，这样说来，之前二十年的天下太平，不正是老师鼎盛之年的恩泽吗？”
“哈哈，你这个说法，倒是很有新意啊？”阮元却也笑道：“这些年来，我一直伤感之事，便是旧日亲友学生，一个个都走在了我的前面，我以前不明白这是为什么，或许……我真的已经活得太久了吧？只是这件事确实可惜，若是这天下太平，真的忽然有一日便不见了，那后世之人，还如何记得我昔年督抚天下之事呢？”
“老师，学生所见，老师无论政事学行，其实大家都是记得的。”陈澧也向阮元答道：“学海堂中，后学弟子已然定下每逢正月二十，便即向扬州遥拜老师。粤东士子，如今与日俱增，这正是老师兴学之功。广州的百姓，从来没有忘了老师的洋米易货。学生也曾去过浙江、江西和湖广，浙江金华，百姓皆知老师捐金救婴之事，杭州西湖之上，阮公墩已然同苏白二堤并列，浙江海塘、北新关银钱开支，如今尚有老师遗法。还有章江水闸，还有湖北范塘村的石堤，还有沧江红，还有诂经精舍，还有……老师，学生自也清楚，国朝正史往往不传于世，但读书人和天下百姓，心里是清楚的啊？学生也曾想到过，或许这些事，未来会有一二被世人遗忘，可老师一生为官治学，利百姓之所利，兴诸省之教化，那可是整整五十年啊？这么多事，天下士人百姓，能够全然忘却吗？”
“哈哈，兰甫啊，今日与你一言，我……我心里更舒服了。你说的确实有道理啊，我……我总是做了这许多事嘛？”阮元听着陈澧历数自己治世兴学之功，心中却也快慰，便也向陈澧打趣道：“你看，外面的人说得也没错，他们都说我……我是有福之人，我活了八十六岁，天下尚属太平，本想着已经是人间至福，不想临别之际，还有你这个好学生来看我，还能与我这般畅谈一番，这不是福上加福了吗？但我毕竟活到了今日，你们后辈的事，我总是不放心，总之……以后的路，可要坚持得住，可要一直走下去啊？”
“学生谨记老师教诲！”眼见夕阳西下，陈澧便也拜别了阮元，自归广州而去。
此后陈澧在学海堂亦多有后学，并渐渐形成了以陈澧为核心的“东塾学派”，学海堂在陈澧兴办之下，于十余年后再次迎来兴盛。陈澧亦遵阮元教诲，兼采汉宋，并始终对西学保持关注。陈澧所收学生也有不少在晚清进入各个督抚大吏幕府，为新的时代贡献了自己的力量。清末之际力图变法的维新派领袖梁启超，少年时亦曾在学海堂就读。
而告别陈澧，主持了家庙祭礼之后，阮元便即自觉病势沉重，一二日间，竟至病危。刘蘩荣也立刻从镇江请来了蒋宝素为阮元诊治，可蒋宝素为阮元诊脉之后，却只是一声叹息，向众人道：
“太傅、刘夫人，人生俱有天数，非医者所能违逆，如今太傅的天数……已然尽了……”
“是吗……”阮元听到这个结果，似乎并不失望，而是一如既往的平静，诊脉之后，阮元还特意嘱咐刘蘩荣，自己一生荣华至此，早已知足，切莫因蒋宝素不能医治之故，竟而责难于他。
初十日入夜之时，阮元也将家中众人尽数召集到于内院之中，又对众人耐心嘱咐了一番，先前遗嘱已经立下，便不再重复。此外，阮元也让阮恩来主笔，为道光写下最后一份遗折，道：
本年入冬以来，精神渐衰，药饵无效，元气日竭，病势益增。桑榆之景莫追，犬马之情何及。虽连年东南水患频仍，群黎待拯，皇仁宽大，发帑赈饥，嘉惠元元，至优极渥，保邦之道，莫要于斯。臣愚伏愿皇上治益求治，安益求安，勤抚驭以靖边陲，谨盖藏以裕储积，修河防以兴水利，严捕务以厚民生。臣待尽余生，语无伦次，不揣冒昧，用陈数端，伏唯圣主慈鉴，则臣从此长辞圣世，毫无遗憾……
遗折写毕，阮元便即不言，平静地安享最后的人生，等待归去之时的到来。